เมื่อเลือกเมมเบรนถ่ายโอน จะต้องกำหนดประเภทของเมมเบรนและขนาดรูพรุนโดยพิจารณาจากน้ำหนักโมเลกุล ความไม่ชอบน้ำ และคุณลักษณะอื่นๆ ของโปรตีนเป้าหมาย ตลอดจนข้อกำหนดของการใช้งานขั้นปลายน้ำ โปรตีนส่วนใหญ่สามารถใช้เมมเบรนที่มีขนาดรูพรุน 0.45 µm ในขณะที่โปรตีนหรือเปปไทด์น้ำหนักโมเลกุลต่ำ (kDa) แนะนำให้ใช้เมมเบรนที่มีขนาดรูพรุน 0.1 หรือ 0.2 µm เมมเบรน PVDF เป็นตัวเลือกที่ต้องการสำหรับโปรตีนที่ไม่ชอบน้ำ (เช่น โปรตีนจากเมมเบรน)
เมมเบรนที่แตกต่างกันต้องมีขั้นตอนการปรับสภาพที่แตกต่างกัน เมมเบรน PVDF มีคุณสมบัติไม่ชอบน้ำสูง และต้องเปิดใช้งานโดยการทำให้เปียกด้วยเมทานอลหรือเอทานอลก่อนนำไปแช่ในบัฟเฟอร์ถ่ายโอน โดยปกติแล้วเมมเบรนไนโตรเซลลูโลสและไนลอนสามารถปรับสมดุลได้โดยตรงในบัฟเฟอร์ถ่ายโอน
วิธีการถ่ายโอนด้วยไฟฟ้าหลัก ได้แก่ การถ่ายโอนด้วยไฟฟ้าแบบเปียก การถ่ายโอนด้วยไฟฟ้าแบบกึ่ง{0}} และการถ่ายโอนด้วยไฟฟ้าแบบแห้ง การถ่ายโอนด้วยไฟฟ้าแบบเปียกเหมาะสำหรับช่วงน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนที่กว้างกว่า ในขณะที่การถ่ายโอนด้วยไฟฟ้าแบบกึ่ง-แบบแห้งจะเร็วกว่าแต่เหมาะสำหรับโมเลกุลขนาดเล็กมากกว่า
ความเข้มข้นของเมทานอลในบัฟเฟอร์การถ่ายโอนส่งผลต่อการจับกับโปรตีนและการหดตัวของเจล จำเป็นต้องปรับกระแส แรงดันไฟฟ้า และเวลาให้เหมาะสมเพื่อป้องกันการแทรกซึมของโปรตีนผ่านเมมเบรน เพื่อป้องกันไม่ให้เมมเบรนแห้งในขั้นตอนต่อๆ ไป ควรปิดผนึกเมมเบรน PVDF ที่ไม่ได้ใช้และเก็บไว้ในที่แห้งและเย็น